Tiền thân là Khoa Thủy sản, được thành lập ngày 1/8/1959 tại Học viện Nông lâm (Hà Nội), Trường Đại học Nha Trang trải qua các giai đoạn phát triển, dưới nhiều tên gọi mang dấu ấn ngành nghề truyền thống như: Trường Thủy sản (1966), Trường Đại học Hải sản (1976), Trường Đại học Thủy sản (1981). Năm 2006, Trường được đổi tên thành Trường Đại học Nha Trang, đánh dấu một mốc phát triển mới.

Trường Đại học Nha Trang - 60 năm hình thành và phát triển.

Trải qua 60 năm hình thành, xây dựng và phát triển, Trường Đại học Nha Trang đã đạt được nhiều thành tựu to lớn trong đào tạo nguồn nhân lực, đáp ứng nhu cầu phát triển kinh tế - xã hội của Khánh Hòa và cả nước, đặc biệt trong lĩnh vực thủy sản, kinh tế biển.

Phát biểu tại lễ kỷ niệm, Thứ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo Lê Hải An mong muốn, nhà trường tiếp tục đoàn kết, phấn đấu sớm đạt mục tiêu "Đến năm 2030 là trường Đại học đa lĩnh vực, có uy tín trong đào tạo, nghiên cứu khoa học và chuyển giao công nghệ, hàng đầu khu vực Đông Nam Á về lĩnh vực khoa học thủy sản và một số ngành kinh tế biển" đã được khẳng định trong chiến lược phát triển của nhà trường.