世界保健機関（WHO）によりますと、エルニーニョによる大雨は、コレラの流行や、特に蚊などの感染症を媒介する昆虫の繁殖に適した環境をつくる可能性があります。これにより、マラリア、チクングニア熱、デング熱などの感染症が増加するおそれがあります。
WHOでリスク軽減、人道支援、気候変動を担当するテレサ・ザカリア氏は、気候による極端な現象が、医療体制が脆弱で、住民が医療サービスを十分に受けられない地域や、食料不安、避難、人道危機に直面している地域で重なった場合、最も深刻な影響が生じると警告しました。
WHOは、エルニーニョを「公衆衛生に対する重大な脅威」と位置づけ、複数のリスクを同時に高める要因になり得るとしています。ザカリア氏は各国に対し、影響を軽減するため、直ちに行動するよう呼びかけました。
9月初めには、世界気象機関（WMO）が、現在のエルニーニョについて、比較的十分な観測データがそろっている過去およそ40年間で最も強い規模になると予測していると警告しました。
世界の気候への影響は、2027年まで続く可能性があります。
