进入二十一世纪，东海安全成为了学术界关心并经常研究的问题，特别是地缘政治变更、权力平衡、危机管控等。领土主权、海域划分等传统安全危机一直是专家们关心的问题。与此同时，他们也未忽视日益严重，给各国安全、航行安全造成影响的非传统安全危机。分析人士认为，基本上，东海非传统安全危机主要有跨国犯罪、海上事故、生态环境污染几种。

海上跨国犯罪

跨国犯罪是东海主要非传统安全危机，包括海盗、恐怖主义、非法移民和走私等。

越南海上警察力量反海盗演习

关于海盗问题，据亚洲反海盗及武装劫船区域合作协定信息共享中心（ReCAAP）报告，2011年，东海发生4起海盗及武装劫船案件，主要发生在阿南巴斯、纳图纳、芒凯、默龙东等岛屿附近。2012年，本地区发生7起，2014年则升至42起。近些年来，由于各国加强管理，海盗及武装劫船案件数量大为下降，2018年只发生4起。

控制船只后，海盗一般会杀害船员，卖掉船上货物，或者改装整艘船，更名，重新注册，混入国际运输船队。为了获取更多利益，海盗还参与毒品、武器买卖和运输、人口贩卖等跨境违法行为。海盗严重威胁船只、船员安全，影响东海秩序和航行安全。

关于恐怖主义问题，多个恐怖主义组织正在东海周边国家活动。自由亚齐运动组织（GAM）在印度尼西亚活动，主要袭击陆地目标，但也经常袭击石油开采平台、油轮等海上设施。在菲律宾，一些穆斯林极端组织也与政府作对，主要袭击沿海目标。

有证据证明，海上恐怖分子及犯罪组织已经加强合作，参与非法移民、毒品走私、武器买卖，跨国犯罪等活动，以谋求更大经济利益。

关于非法移民问题，在东海发生的这种行为主要分为非法运输移民和人口贩卖两种。在本地区，非法入境的对象主要是缅甸罗兴亚人（Rohingya）。因为缅甸内战，罗兴亚人出国并非法入境其他国家。联合国难民事务高级专员办事处（UNHCR）的统计数据显示，2012年以来约有16万罗兴亚人非法入境其他国家。

比上述行为更严重的是人口贩卖。据统计，2014年人口贩卖行为的360万受害者中，230万是亚洲人。东海是人口贩卖频繁发生的地区之一。

关于海上走私问题，主要是石油和毒品走私。据统计，毒品走私逐年递增。经东海前往中国的走私路线目前主要有以下3条。第一，毒品从阿富汗、巴基斯坦和伊朗交界的金新月地区，或者从非洲通过海路，运到广东各海港，然后进入中国内陆。第二，从缅甸，经安达曼海峡（Andaman）前往广东、福建港口或附近海域，然后进入中国内陆。第三，南美及中国香港、台湾贩毒组织联手，把毒品从广东、河北、上海等地海港运到中国内陆，在东莞、深圳集结，然后再运到香港、澳大利亚、新西兰。

石油走私的方式则是，卖方与买方或中间人商谈，就时间、价格、数量达成一致后，卖方租用渔船、货船、农产运输船等轻型运输船。这些船只里面有秘密船舱，专门存储石油。船只在国际海域完成石油交易后就把货送到买卖双方指定的地点。

海上事故

亚航失联航班QZ8501的残骸

海上事故包括自然灾害及人为事故。从地理角度看，东海位于环太平洋火山带上，地质活动造成东海沿海各国经常遭受强度不同的地震。此外，每年，东海地区平均遭遇至少20场台风。此外海啸、厄尔尼诺、拉尼娜等灾害和消极现象经常发生，给航行活动造成严重威胁。印度尼西苏门答腊岛（Sumatra） 2004年发生的8.9级地震，造成20多万人丧生；2018年，一场7.4级地震及其引发的海啸也导致2000多人死亡。

东海海域和空域发生的事故也是一种非传统安全危机。1987年，菲律宾一艘客轮和一艘油轮互相碰撞，1500多人遇难，成为二十世纪后果最严重的事故之一。印度尼西亚海域也经常发生事故。2006年，一艘客轮因台风沉没，639人遇难。2014年，亚洲航空公司（AirAsia）编号QZ8501航班也在该国海域坠落，机上所有乘客和机组人员丧生。

此外，东海地形复杂，浅滩、礁石多，船只路过容易擦碰，导致燃油泄漏事故。2017年10月，中国香港一艘运输镍矿石的货船从连云港前往印度尼西亚途中在菲律宾吕宋岛（Luzon）东北海域沉没，船上矿石落入海里。2019年8月，另一艘运输镍矿石的货船也在印度尼西亚海域沉没，除了损失矿石外，还有25名船员失踪。

生态环境污染

东海生态环境污染问题越来越严重，广受国际社会关注。污染源主要有三种。

第一，大陆活动造成的污染。这类污染源造成近海环境污染，主要是工业、农业、生活、海产养殖等活动的排水不经过处理或处理方式不合格，直接排到海里，造成污染。

第二，船只造成的污染。东海是连接欧洲、非洲、澳洲的航线途经的地方，每年约有4万多艘船只经过这个海域，因此，船只活动的排放造成严重的污染危机。