规划的总体目标是确保九龙江流域水源安全；公平合理储存、调控和分配水资源；将经济高效开发利用淡水、半咸水和咸水水源与保护环境和可持续发展水资源相挂钩，满足人民群众日常生活、经济社会发展、保障国防安全和环境保护的水需求。

《规划》的重要内容之一是水源的管理、调节和分配，确保流域服务于经济社会发展目标的水资源开发利用的安全。