Setelah semua serangan ini terjadi, polisi Indonesia telah dengan giat menggelarkan semua pasukan di lapangan, melakukan investigasi terhadap organisasi terorisme dan menangkap para pelakunya. Dalam waktu 10 hari ini, telah ada 48 tersangka yang ditangkap, beberapa diantaranya dibasmi. Polisi telah menahan banyak bukti, di antaranya ada berbagai jenis buku dan dokumen petunjuk cara berhubungan dan cara melakukan tindakan teror di Indonesia. Tentang solusi jangka panjang untuk menghadapi terorisme, Jenderal Tito Karnavia menekankan perlu mendorong pengesahan satu rancangan undang-undang antiterorisme. Tentara juga perlu ikut lebih banyak pada masalah koordinasi aksi anti terorisme. Khususnya menentang pengarcun dan penyebaran yang ceepat dari ekstrimisme dan permusuhan agama dan etnis sebagai titik berat besar.