สัตว์ป่าที่มีความเสี่ยงที่จะสูญพันธุ์ที่พบในป่ากอนโปลงคือ ค่างสี่สี ชะนีแก้มเหลือง อีเห็นลายเสือโคร่งอินโดจีน เป็นต้น ซึ่งค่างสี่สีและชะนีแก้มเหลือง เป็นสัตว์ 2 ชนิดที่มีความเสี่ยงที่จะสูญพันธุ์ ส่วนสัตว์บางชนิดถูกระบุในหนังสือปกแดง IUCN.