Ihm wird vorgeworfen, mit der Verhängung des Kriegsrechts am 3. Dezember einen Aufstand angezettelt zu haben, wie seine Anwälte und die Opposition am Sonntag mitteilten.
Ermittler der Antikorruptionsbehörde hatten vor einigen Tagen empfohlen, offiziell Anklage zu erheben.
Yoon war am 15. Januar als erster amtierender südkoreanischer Präsident festgenommen worden. Seither sitzt er in Einzelhaft. Der 64-Jährige hatte am 3. Dezember überraschend das Kriegsrecht verhängt. Dies löste eine Staatskrise aus. Das Parlament stimmte am 14. Dezember für seine Amtsenthebung.
Parallel zum Strafverfahren wird das oberste Gericht entscheiden, ob Yoon seines Amtes enthoben oder seine präsidialen Befugnisse wiederhergestellt werden sollen. Dafür hat es insgesamt 180 Tage Zeit.