Chùa Bổ Đà là một ngôi cổ tự có lịch sử từ rất lâu đời và được mở mang, phát triển mạnh ở thế kỷ XVII-XVIII.
Chùa là nơi tu hành của các tăng ni và đào tạo các tăng đồ theo Thiền phái Lâm Tế trong hơn 300 năm.
Ngôi chùa có gần 100 gian lớn nhỏ.

Bức tường xây từ những tiểu sành - một sản phẩm của làng nghề gốm cổ Thổ Hà ở gần đó.
Hiện nay, chùa Bổ Đà còn là nơi bảo lưu hơn 40 pho tượng Phật trong đó phần lớn là tượng Phật cổ thời Lê (thế kỷ XVIII), Nguyễn (thế kỷ XIX) như bộ tượng Tam Thế Phật, tượng A Di Đà, tượng Thích Ca Niệm Sen, tòa Cửu Long, tượng Tam Châu…

Ngoài ra, còn có các pho tượng bài trí theo tín ngưỡng thờ Nho Giáo, Đạo Giáo và tín ngưỡng dân gian bản địa như Thạch Linh Thần Tướng, tượng Lão Tử, Khổng Tử, thể hiện rõ dấu ấn tam giáo đồng nguyên.
Đặc biệt, tại chùa Bổ Đà đang bảo lưu 1.935 mộc bản kinh Phật và 18 bộ sách kinh chính vừa được Liên minh kỷ lục thế giới Worldking xác lập là Bộ mộc bản Kinh Phật khắc trên gỗ thị cổ nhất thế giới.
Mộc bản có niên đại sớm nhất được san khắc vào năm 1740, và muộn nhất vào những năm của thế kỷ XX. Trải qua nhiều thế kỷ, bộ kinh viện hiện nay vẫn còn khá nguyên vẹn, thể hiện những tư tưởng của Phật giáo Việt Nam thuộc dòng Thiền Lâm Tế.
Các ván kinh được khắc trên gỗ thị vừa bền, không cong vênh và rất nhẹ. Kinh được khắc nổi bằng chữ Hán, nét chữ tinh xảo, nay vẫn sắc nét. Đây là kho di sản tư liệu quý giá không chỉ về lịch sử Phật giáo mà còn có giá trị nghiên cứu trên nhiều phương diện: lịch sử, văn hóa, ngôn ngữ, văn học, mỹ thuật, y học…
Vườn tháp tại chùa là vườn tháp lớn nhất Việt Na, nằm ở bên trái khu nội tự và vườn chùa. Nơi đây tàng lưu xá lị, tro cốt nhục thân của các tăng ni dòng Thiền Lâm Tế.