午後12時42分に通報があり、当局は駅一帯を封鎖して利用客を避難させるとともに、同駅に発着するすべての列車の運行を一時的に止めました。ケルン駅は欧州で最も利用者の多い鉄道の駅の一つで、すぐ近くには有名なケルン大聖堂があります。

容疑者の男は駅構内にあるファストフードチェーン、マクドナルドの店舗に入り火炎瓶を投げ、店内はパニック状態になりました。現場では少女（14）がやけどを負いました。目撃した女性は報道陣に、叫び声が聞こえ「少女が助けを求めて走っていた」のを見たと語りました。少女の足もとから火が上がっていたが、近くにいた人に救助されたといいます。

警官隊がスタングレネード（威嚇用手投げ弾）を使用して突入し、容疑者に発砲しました。人質の女性を無事解放しました。容疑者の男は数度撃たれ重傷を負った。人質になっていた女性は軽傷を負い、その他に2人が負傷しました。

警察は現場で犯行に及んだシリア人の男（55）のパスポートを発見しました。警察によると男はイスラム過激派組織「イスラム国（IS）」のメンバーだと言っているといいます。警察は記者会見で、「あらゆる可能性を考慮して捜査しており、テロの可能性も排除していない」と明らかにしました。