Theo quyết định, Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Xuân Phúc làm Trưởng Ban Chỉ đạo. Ban Chỉ đạo có nhiệm vụ chỉ đạo phối hợp giải quyết những công việc quan trọng, liên ngành thuộc thẩm quyền của Chính phủ, Thủ tướng liên quan đến các đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt. 

Hoạt động, phân công trách nhiệm cụ thể đối với các thành viên của Ban Chỉ đạo thực hiện theo Quy chế hoạt động của Ban Chỉ đạo do Thủ tướng Chính phủ ban hành. Bộ Kế hoạch và Đầu tư là cơ quan thường trực Ban Chỉ đạo và thành lập Tổ giúp việc Ban Chỉ đạo gồm đại diện Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Văn phòng Chính phủ, Bộ Nội vụ, Bộ Tư pháp và một số cơ quan liên quan. Kinh phí hoạt động của Ban Chỉ đạo do ngân sách nhà nước đảm bảo và được bố trí trong dự toán chi hoạt động hàng năm của Bộ Kế hoạch và Đầu tư theo quy định của Luật Ngân sách nhà nước.