Selon un porte-parole du tribunal militaire américain, son procès devrait débuter le 5 juin 2028. Trois autres accusés comparaîtront également dans cette affaire. Mercredi 26 août, le juge du tribunal militaire américain a fixé cette date, rejetant la demande du procureur qui souhaitait ouvrir le procès dès le début de l'année 2027.

Selon le juge, un délai supplémentaire est nécessaire afin de régler plusieurs questions relatives aux preuves et à la procédure avant l'ouverture du procès. Khalid Sheikh Mohammed a été capturé par les forces américaines au Pakistan en mars 2003. Après avoir été détenu pendant trois ans dans des prisons secrètes de la CIA, il a été transféré en 2006 à la prison militaire américaine de Guantanamo Bay, à Cuba.