Ngay sau lễ đón, Tổng Bí thư Nguyễn Phú Trọng và Tổng thống Joko Widodo tiến hành hội đàm cấp cao. 

Tại cuộc hội đàm, hai nhà lãnh đạo nhất trí cho rằng chuyến thăm là sự kiện có ý nghĩa lịch sử, tạo dấu mốc quan trọng, tăng cường tin cậy chính trị, củng cố quan hệ hữu nghị, thúc đẩy hợp tác thực chất, tạo lập bước phát triển mới, làm sâu sắc hơn quan hệ Đối tác chiến lược giữa hai nước.

Tổng thống Joko Widodo mời Tổng Bí thư duyệt đội danh dự.

Hai nhà lãnh đạo đã trao đổi và nhất trí về các phương hướng và biện pháp nhằm thúc đẩy toàn diện và làm sâu sắc hơn quan hệ đối tác chiến lược giữa hai nước trong thời gian tới, vì lợi ích của nhân dân hai nước, đóng góp tích cực cho hòa bình, ổn định, hợp tác và phát triển ở khu vực và trên thế giới, góp phần củng cố và tăng cường sự đoàn kết, thống nhất và vững mạnh của ASEAN. Hai nhà lãnh đạo nhất trí tiếp tục duy trì thường xuyên các chuyến thăm, tăng cường tiếp xúc ở tất cả các cấp, trên tất cả các kênh nhằm mở rộng hiểu biết, tăng cường tin cậy, thúc đẩy hợp tác thực chất, cùng có lợi; phát huy hiệu quả các cơ chế hợp tác sẵn có, trong đó có Ủy ban hợp tác song phương và Ủy ban hỗn hợp về hợp tác kinh tế, khoa học và kỹ thuật; thúc đẩy hợp tác giữa các địa phương hai nước. Hai nhà lãnh đạo bên đánh giá cao và cho rằng hợp tác trong lĩnh vực quốc phòng, an ninh  là một điểm sáng trong quan hệ giữa hai nước thời gian qua và là trụ cột hợp tác rất quan trọng hiện nay cần được tăng cường. Trên cơ sở đó, hai bên cam kết phối hợp chặt chẽ với nhau trong vấn đề chống khủng bố, tội phạm mạng và công nghệ cao, buôn bán người, ma túy và tội phạm xuyên quốc gia; tích cực đẩy nhanh và sớm kết thúc đàm phán phân định vùng đặc quyền kinh tế, tiến tới giải pháp mang tính tổng thể, bao gồm cả xử lý những vấn đề liên quan đến tàu cá, ngư dân trên tinh thần nhân đạo, hữu nghị và đoàn kết trong ASEAN, phù hợp với quan hệ đối tác chiến lược, tôn trọng độc lập, chủ quyền của mỗi nước.

Tổng Bí thư Nguyễn Phú Trọng đã tiến hành hội đàm với Tổng thống Indonesia Joko Widodo

Hai nhà lãnh đạo cũng trao đổi về các vấn đề quốc tế và khu vực cùng quan tâm. Hai nhà Lãnh đạo tái khẳng định tầm quan trọng của việc duy trì hòa bình, ổn định trong khu vực, bảo đảm an ninh, an toàn, tự do hàng hải và hàng không ở biển Đông. Hai bên cam kết tiếp tục phối hợp giải quyết tốt các vấn đề chung, trong đó có chống khủng bố, cướp biển, chạy đua vũ trang, phổ biến vũ khí hạt nhân...; hợp tác chặt chẽ về lập trường và hành động trên các diễn đàn quốc tế và khu vực, nhất là ASEAN, ASEM, APEC, Diễn đàn hợp tác Đông Á-Mỹ Latinh (FEALAC) và Liên Hợp quốc cũng như trong các sáng kiến hợp tác kinh tế thương mại khu vực và thế giới nhằm duy trì hòa bình, ổn định và tuân thủ các nguyên tắc cơ bản của luật pháp quốc tế và Hiến chương Liên Hợp quốc.

Ngay sau khi kết thúc hội đàm cấp cao, Tổng Bí thư Nguyễn Phú Trọng và Tổng thống Indonesia Joko Widodo chứng kiến Lễ ký kết các văn kiện hợp tác giữa hai nước. Tổng Bí thư Nguyễn Phú Trọng và Tổng thống Indonesia Joko Widodo có cuộc họp báo ngay sau lễ ký kết. Hai bên bày tỏ hài lòng về kết quả hội đàm giữa hai bên.